Népegészségügyi feladatok különösen: az egészségügyi szolgáltatók részére kiadott működési engedéllyel kapcsolatos másodfokú eljárás, az élelmiszer eredetű megbetegedések nyilvántartása, az ivóvízzel kapcsolatos panaszok kivizsgálása, valamint járványügyi szűrővizsgálatok elrendelése, oltóhelyek működtetése. Ezekben az ügyekben a kormányhivatal Népegészségügyi Főosztálya jár el.